Собор вмещал до 5000 прихожан, но проработал по прямому назначению он недолго. В 1929 году храм был закрыт, впоследствии разорён и разграблен. В начале 30-х годов в здании Морского собора открыли кинотеатр имени Максима Горького, а часть помещений стала использоваться под склады. Во время Великой Отечественной войны на куполе Морского собора был оборудован наблюдательный пост корабельной и береговой артиллерии Кронштадта. Чтобы спасти собор от окончательного разрушения, командование ВМФ обратилось к правительству с просьбой о передаче храма в своё ведение. Одно время в соборе размещался гарнизонный военно-морской клуб, затем — концертный зал. В 1974 году в соборе открылся филиал Центрального военно-морского музея «Кронштадтская крепость».
С 2002 года началось восстановление собора и переговоры о передаче его обратно православной церкви. Во время нашей поездки собор всё ещё находился на реставрации, а 28 мая 2013 года, почти ровно через 100 лет после открытия, состоялось Великое освящение собора, и теперь там проходят регулярные богослужения.

(май 2012 г.)
в описании использованы материалы сайтов Mishanita.ru и Музей истории Кронштадта